在街上遇到Molineux,Molineux告诉Connor,Johnson仍不死心,并且把剩余的货物都堆积在了船上。见到Adams,Connor想杀掉Johnson,Adams建议Connor断掉他的财路就行,不需要杀掉Johnson。Connor勉强接受了建议,晚上一行人潜入码头,发现守卫更多了。Connor有了Stephane的援助攻击,配合自己优秀的暗杀与格斗技巧,很轻松将两艘船上的守卫全部清理完毕。在Molineux的带领下大家开始往水里扔走私货物,Molineux等人的行为得到了市民的支持,却遭到了英军的攻击,Molineux与Paul掩护剩余成员销毁走私品。Connor往水里扔了15箱茶叶后开始帮助Molineux与Paul对抗英军,最后船上的走私茶叶全部被丢入大海,并且,留了最后一箱茶叶给Connor,当着Johnson的面丢进水里。Johnson脸色非常难看,同样脸色非常难看的还有随行前来的查理斯。
返回家园,Achilles告诉Connor如果不杀掉Johnson,这一切绝对不会结束。事实证明,不听老人言吃亏在眼前,六个月后,Connor童年好友又来了,主角被告之这次Johnson在强占他们的土地。Connor决定这次一定要除掉Johnson,童年伙伴带着Connor来到Johnson Hall。游到对岸,再找岩石攀登到山顶,可以看见Johnson正在威胁另外一个部落,战斗一触即发,主角出场救下了被枪指着的印第安人,印第安人与英军产生混战,Johnson企图趁现在往山下逃跑,被Connor追上一匕首刺入胸膛(这是剧情,至于是用枪还是用刀或者斧头随玩家爱好)。Jahnson死前告诉Connor他希望殖民者在侵蚀完全部大陆后,能变得友善,能不再与原住民发生冲突,相信时间会冲淡一切,最后两个群体和平共处在没有仇恨的新世界里。(天真还是讽刺?)他做的一切错事都是因为他的信仰,扭曲的信仰。