初次玩《黑暗孢子》游戏时，游戏会向玩家详细介绍《黑暗孢子》的背景故事，接着带你进入教学关卡。

玩家要开始教学关卡，点击导览画面上的“开始”(Start)。教学关卡会介绍游戏的基本操作方式，包括移动、攻击、使用特殊能力以及切换队伍中不同英雄角色。如果玩家忘记了任何游戏操作方式，“附录”中提供了快速参考表。当完成教学关卡后，按“返回太空船”(Return to Spaceship)离开教学关卡。

玩家的太空船是玩家的大厅画面，在这里玩家可以：

1.透过“军械库”(Arsenal)查看及变更基因英雄小队

2.透过“编辑器”(Editor)编辑与升级英雄

3.透过“导览”继续战斗或投入PvP 竞技场

这些选项都可透过画面右上方的选单列找到。然而，离开教学关卡时，这些选项会被锁定，直到你彻底结束教学关卡。玩家返回太空船时，游戏会先要求玩家选择第三名角色。在教学关卡中，玩家已解开了三名初始角色中的其中两名，但队伍还有一个空栏位(下图中的方块1)。

共有三名“经重新改造的”英雄让玩家挑选(上图中的方块2)。玩家标记想使用的英雄，然后选择“启用”(Activate)解开他。

要将新启用的英雄加入玩家的队伍，点击空的队伍栏位，然后点击新英雄。一旦选好了角色并补满了队伍，前往“编辑器”(下图右上角)初次升级英雄。