千年以来，Crogenitor穿梭银河之间执行他们的演化任务，他们只要遇见生命型态，都会透过基因遗传角度改造其DNA，赋予对方新的力量与能力。他们最伟大的成就，是创造出超级战士：基因英雄。

过份激进的Crogenitor，藉由挖掘“指数”DNA(E-DNA)的威力，试图让他们的终极战士更加强大。但是E-DNA 并不稳定，也难以预测，而且终究不受控制。大批的突变恶棍挣脱了他们主子的控制。他们成了黑暗孢子。在历经恐怖的战争时代之后，黑暗孢子终于包围了最后一批Crogenitor。

身为玩家的你是亡命之徒，置身黑暗孢子控制下的银河巢穴，同时也是从长眠​​中苏醒的幸存Crogenitor。人工智慧 HELIX 是你唯一的向导。在你不醒人事的这段期间，由HELIX 将你安全地藏匿起来。

现在，透过HELIX 详尽的DNA 资料库，你必须使用稳定的E-DNA 再造基因英雄。让这些英雄比原先更为强大，并带领他们投入对抗黑暗孢子的终极战争。