幽灵行动断点的故事发生在极光岛，一个最先进科技设施与野生自然环境共存的神秘岛屿，而这里也是无人机技术创造者，科技巨头斯凯尔科技公司之所在。而现在极光岛上天才科学家杰斯的机器人工厂遭到不明势力劫持，所有通讯均已中断，机器人的功能性和武装能力都很强，一旦被利用，后果不堪设想。玩家作为幽灵特工小队的队长，被预示派遣率队前往极光岛，但是部队一开始就遭受伏击，情况万分危急，玩家必须杀开一条血路，找到大部队，进而完成夺岛任务。其中一个任务就是找到杰斯斯凯尔，并且探明斯凯尔科技为何走上了黑暗的道路，另一个重要剧情就是沃克，一件尘封的往事导致他与昔日小队反目成仇，从一名忠心耿耿的士兵蜕变为了非法军事组织的首领。随着故事的深入，玩家将发现更多斯凯尔背负的真相以及沃克的过往，揭开极光岛上的秘密。