《Subverse》中有空战和战棋两种战斗模式。
【空战模式】
《Subverse》的空战模式玩法和雷电等弹幕射击游戏相同,玩家可以操控飞船——菲尼克斯进行战斗。
在战斗中按E键可以打开飞船的HUD。其中左侧蓝色圆环表示飞船的护盾,护盾在一段时间内未受到伤害就会自动恢复。右侧绿色圆环代表飞船的生命值,当生命值归零,飞船就会被摧毁。而下方的黄色圆环表示飞船的能量,使用副武器和推进攻击都需要消耗能量。
菲尼克斯具有主/副两种武器。副武器会随女性角色而改变,比如使用莉莉博士时副武器为具有穿透效果的光线枪,使用海盗基利的话副武器则会变成散弹。
飞船的推进攻击同样需要消耗能量来使用,适合用来清理杂兵和通过位移来躲避敌人的攻击。而按下SHIFT键则能将飞船切换到冲刺飞行模式,冲刺模式下会加快飞船的移动速度,玩家可以借此来快速脱离战场躲到按圈的位置回复护盾。
【战棋模式】
游戏的战棋模式同样非常传统。战场上每个单位都能进行普通攻击和大招,角色单位在攻击和受到攻击时会累积肾上腺素,大招只有在肾上腺素积满时才能使用。
敌我双方在受到近战攻击时都会进行反击,反击伤害为基础伤害的50%,一般单位每回合只能反击一次。另外大招攻击无法被反击。
单位血槽上会具有装甲(银色条表示)或护盾(蓝色条表示),得分别用能量和自然攻击才能造成可观的伤害。
另外,敌我双方的单位都具有被动特性,比如粘液怪的特性【投手】为距离越远造成的伤害越高,观察和利用敌我双方的这些特性能让战斗变得更为轻松。