这里就是游戏中的终极基地，里面的穿着超级装甲的士兵比对岸的罗瓦诺要多的多，硬闯似乎不太可能。幸好你也有相同的“制服”，所以可以在里面畅行无阻。来到此地之前，最好把没有能量装甲的队员留在船上。

这里可以做的事情不多，会和你对话的人比克拉马斯还少。这里所要做的事：找到族人被关的地方，听从长老的指示，并约好逃出的方法;从美国总统那里了解许多事情的始末;毁灭基地后逃离。这三件事中，真正必须做的只有第三件，其他只是帮你了解剧情。只要你设法让基地中的核子反应炉爆炸就可以成功。有两个方法：(1)炸毁控制反应炉的电脑，让反应炉失控;(2)强迫管理反应炉的负责人急速关闭反应炉，导致炉心熔解。前者还可以说服一个生化科学家在中央空调中放毒，让没有穿着能量装甲的人员死光。不管那一种方法，你接近离开基地的大门时，都要通过一个大家伙在把关。

这里还有很多高级装备，有些是游戏中独一无二的。为了最后的大家伙， 游戏在这里提供了各型武器中杀伤力最强的款式，让人看得眼花撩乱。

第一层可以搜刮一些小东西，重点应该是右上的仓库内的能量装甲，另外那几个炸药在暗杀总统或炸毁电脑的时候可能有点用。有一个门目前无法打开，在逃离基地时才会开启。

第二层入口下方的库房中有两种重机枪和弹药。这里正在进行人体实验，各个手术台上血迹斑斑。你的族人和13号避难所的居民都被关在这里，到右下方的牢房中找长老。她会跟你说事情的经 过，并叫你去底下摧毁一个“恶魔”机器，并且和她约定事成之后，自动带着剩下的族人到油轮上与你会合。

第三层进去就是一个九宫格形状的电击地板区。每格有一个终端机，必须按一下终端机才会打开或关闭这些门。这个基地中最有价值的装备，就在这里的左右两侧的营房中。通过之后就到了总统所在的第四层。

第四层右下角有个战略研究室，右上角的房间是会议室，会议室内 则有一张闪着红点的世界状况地图。总统办公室前有个副总统。美国总统会帮玩家解释很多事件的来龙去脉，但是你一开始对话就要听到完为止，否则他会很不高兴。要了解剧情的始末，就要与总统好好交谈一番。总统身上有一把总统专用钥匙，要杀掉他才能拿到。这把钥匙可以用来开启主电脑中的最高权限，等一下逃出时会派得上用场。暗杀总统只要潜行能力不差，贴着身体一枪就解决了，而且不会引起守卫的注意。左上方有个核子弹，后面那个科学家会开口和你交谈。从他口中可以问出英克雷军的计划，但他是一个有良知的科学家，如果口才够好的话，可以请他思考这些适应荒地生活的人类，是否算得上是另一个人种。他想了一下之后恍然大悟，决定把自己和整个英克雷军基地一起埋葬，也就是在中央空调中放入FEV病毒的毒素。他也会告诉你去底层关闭反应炉，以解除关住你族人的力场。但是毒素放出来之后警报就响了，底层的科学家也不会和你对话;同样的，底层的反应炉溶解前警报也会响起，你就无法再和任何人交谈，只能用炸药毁掉强行解决。这个方法的难度较高，而不如逼原子能源委员会主席汤姆莫雷自己关闭反应炉。

第五层左上有个营房，右上是反应炉的控制电脑， 右下是反应炉，左下方就是原子能源委员会主席汤姆莫雷。最好用潜行技能接近他，因为他附近站有一个英克雷军的守卫，他会严密注视你的动向，发现你有不轨行为就会进入战斗状态。问汤姆莫雷有关反应炉的事情，他会很得意的说：如果反应炉关闭了，那么一切警卫系统、安全门都会关闭(关住族人的力场也会全部跟着消失)。接着，不管他怎么哀号，拿枪威胁他关闭。结果炉心因为过热而融化了，还有10分钟就会爆炸，在讯息窗里开始了倒计时。威胁他不得声张之后，赶快回油轮吧。(也可以直接拿炸药摧毁控制反应炉那台电脑，或在三台终端机之前各放一个定时炸弹，结果也是导致炉心熔解。不过因为终端机前有几个技师，很容易引发战斗，所以要特别小心。)

现在因为基地进入了非常状态，所以那些原来不能开启的门打开了，有个梯子可以绕过电击地板区。到达油轮前，有个大家伙(联邦密探)已经在那边严阵以待了。在13号避难所看他一拳击毙死亡爪的英姿，就知道自己不是他的对手，这下死定了。这个家伙的生命值为999，护甲和武器都是从来没见过的高级装备(很可惜最后会把他打得粉碎，这些东西一点都捞不到)，再加上旁边的雷射炮台会一起攻击你，打赢的机会微乎其微。在遇到大家伙之前，有支巡逻小队。你可以警告队长炉心即将熔解，建议他们随你搭船离开，就可以得到一批战友，这四个战友都拿很相当高级的武器。另一个辅助过关的方法，是尽量靠着左边沿墙潜行到出口大厅那台终端机，拿着总统专用钥匙启动叛乱模式，让门口的雷射炮台帮你收拾。两者并用的效果极好，你几乎可以不用出手，不过要注意应该先说服巡逻小队，再去使用终端机，因为进入战斗状态就无法与队长交谈。

战斗结束后，你终于打开了基地的大门，一脚跨了出去。接下来就是破关的画面：油轮急急的离开，基地被炸得粉碎，海上升起了一团蘑菇云……最后，游戏会把你在各处完成的任务在未来造成的影响进行总结。