本章开始，玩家可以选择操控角色了，不是像序章那样开始只能选莱昂纳多。忍龟升级后按照技能加点也会有很多新招式比如RT+YRT+B

一直往前走会触发任务目标，打晕之后ko和反击ko，在一个十字路口的左边有一个披萨，别漏了。

进入下水道之后，往前走，到了断掉的楼梯处从扶手那里滑下去，会有很多紫龙，打到一半会出现忍龟力量里很常见的敌人，那个黑人博士造出的机械狗，机械狗没什么用，一刀就可以解决。打败所有人之后从破洞进入，到一个洞口处有两只机械狗，飞镖飞死不会引来一大批，冲进去揍他们会引来一大群，虽然不是很难打。通过此处后跳下水管，在最左边的地方you5ge电子飞镖，可以一镖解决一只狗，之后从洞口处跳下(不知道为什么拿了镖之后跳下洞穴，但是电脑控制的三个角色不会跳下来--，手动跳下来换人之后他们还会跑上去……)

通过管道到达了一个比较空旷的地方，门口有两只电子狗，门内有大概6.7条紫龙，通过提子上去，上面有一块披萨和5个电子镖。

不想拿这些东西前面那一场可以不用打。

从很宽扩的管道内走去，里面有很多的电子狗，可以不用理会，一路跑过去，也可以一个个打破，刷XP用。之后到达一个圆形的大门，旁边有一个密码锁，这把锁会多一种颜色，每种颜色的路线不能交汇。

解开密码锁之后进去，发现一种新的电子狗，全身发红色，与蓝色的没什么区别(大概)等铁的圆形们被机械狗炸开之后通过，走过铁门之后，直接冲过整条管道，路上的机械狗可以不用理会，实在太多，有点麻烦，到底后往右边大门进去，里面有十个普通忍镖，来到一个圆形的大房间内，会有很多忍者，这里会触发两个特殊目标，特殊攻击12次和combo数达到40。特殊攻击只要用RT组合攻击就算，RT组合攻击的能量槽是普通攻击对手获得的，所以说这里可以一次性达成，打完普通的忍者之后回来一群机械狗和忍者狗==，忍者狗给他一个电子飞镖他会麻痹，总的来说不太难，就是要好好用特殊技能和破防。

龟壳浴柜可得碰撞，直接撞死一个。

到了一个机械狗的工厂，看到有一个机器再给机械狗充电，上楼梯之后往前走又一快披萨，往左走滑下管道(跟水上公园一样的)，一路跑到工厂下围，击败两个普通的忍者之后回来几个精英，比较会防御，要多多利用破防。击破所有敌人之后，往左右边的管子走，有一个东西拿，之后去电梯门口，又要开一把锁，电梯上面有三件宝贝，披萨手雷飞镖，下电梯之后往一个平台下面的铁装置防线走，在那个装置上有一个锁，需要玩家破解，之后进入剧情

之后回来很多的机械狗，包扩大型的，打完之后往楼梯口的洞穴处前行，之后进入控制室，搬下扳手，有一扇门就开启了。在走道的尽头有一篇披萨和一飞镖可以捡。看到一个呗电子狗咬着屁股的忍者之后触发剧情，发现成千上万的电子狗，之后就是大逃亡，就一直往电子狗来得反方向跑，碰到障碍就按A跑到一扇巨大铁门处结束。进入一个大房间之后里面有四个忍者跟四个大型机械狗，清场后在房间下面的管道里有一篇披萨和十个镖，在房间的左边有五个电子镖。爬上梯子(在入口的对面)走出下水管，进入城市。

走出城市一下子就找到了宝贝，在一个楼梯的下面。通过楼梯之后来到一个放满集装箱的仓库，击败开始的忍者守卫之后，黑人博士会放出很多很多的电子狗(大小型都有)而且玩家是以博士的视点进行游戏的，画面很模糊。不过前面拿到的手雷可以派上大用处了。