剧情：
虽然取得了两次胜利，但是刺客联盟这边的人员也是损失惨重，约瑟夫要艾吉奥去招募些新刺客，在培训新人方面，艾吉奥还是很有经验的。艾吉奥走在街上发现一名被关在牢中的村民非常有潜力，是个合适的人选，想办法救他出来，之后他果然不负众望，成为了区域首领。
过了一段时间发生了奇怪的事情，不少刺客都失踪了，很有可能是被人暗杀了。艾吉奥与新招募的刺客一同前往调查，与杀害刺客的元凶交手，却发现那名刺客杀手曾经也是一名刺客，身手很不错。谨慎起见，艾吉奥让手下的刺客们去各地执行任务，只有提高自己的能力才能面对更强大的敌人。这段起见约瑟夫教我制作更多方式的炸弹，没想到离开达芬奇之后还能接触到这么多新奇的发明。掌握了炸弹的制作方法之后，我开始把我寻找钥匙的事情告诉了约瑟夫，他推荐了一位信得过的熟人给我，而他可能知道一些信息。
艾吉奥随后来到该地点，发现书店的老板竟然曾经与他坐同一艘船来到伊斯坦布尔。在书店里找到密道后，艾吉奥不仅取得了一把马西亚夫钥匙，还找到了一位可以破译书籍的所在位置的美女帮手-索菲亚。艾吉奥将取回的钥匙拿去给约瑟夫看，他也感到很惊奇，然后约瑟夫告诉艾吉奥他最近在于盟友协商，他们分别是盗贼，佣兵与吉卜赛人，而艾吉奥曾经与吉卜赛人打过交道，与上艾吉奥决定亲自去一趟。通过与吉卜赛首领的交谈，了解到吉卜赛人被神殿骑士夺走了大部分的血汗钱，艾吉奥决定帮忙取回顺便获得吉卜赛人的信任。刺客联盟的事情处理完了之后，艾吉奥坐在书桌前研究者阿塔尔的笔记，突然。。。。。。
Masyaf出现了叛徒，总部被攻陷，导师与一些刺客兄弟被困在总部，阿塔尔立刻去救人，在导师被杀害之前，阿塔尔从空中偷袭杀掉了叛徒。风波平息之后，导师问阿塔尔为什么不在城门口动手，阿塔尔回答说每个人都需要一次挽救自己尊严的机会，导师听后很欣慰，他说阿塔尔的表现没有愧对他优秀的刺客父亲。
视线模糊，又回到了艾吉奥的世界，阿塔尔的记录了记忆碎片在钥匙中，他视乎想要告诉后人什么，他必须找到答案。离开总部，之前曾经攻击过刺客的那个叛徒又开始行动了，这次艾吉奥没有给他任何机会，击杀刺客，救出了所有被俘虏的同伴。

流程：
先去码头，找牢笼里面的人接任务。跟着小地图上的绿点，去到附近的绿色区域！
利用鹰眼看穿目标。偷窃与杀死都行，然后用钥匙放他出来。（偷窃　同步100％）
坐船或者自己划船去对岸，进入刺客联盟。找刺客领取任务。
一段奔跑之后，要杀死3个红点的目标，然后进入鹰眼模式，对着凳子发现红色影子。
直接向前奔跑追踪，不要爬墙，直接前冲。进入CG，杀掉敌人。
返回刺客联盟，可以指派小弟去做任务，训练小弟。然后找约瑟夫学习制作炸弹，测试下自己制作的炸弹的威力。
出门根据指示找到一个老头，跟着小地图的提示，找到这个老头！提示再去找美女索菲亚MM。
来到索菲亚MM家里，对话完之后！进入鹰眼模式，在小地图绿色范围内找到暗门。进入。
进入地下城，完成这个地下城会发现一个圆盘！应该是记忆碎片。（不被敌人发现　同步100％）
回到屋与索菲亚MM对话，看地图，出门会遇到TAZIM！利用旁边的快速旅行通道传送到地图左下角边叹号的位置。
从这里的一个女人那里接到一个任务，利用女人跟踪警卫！等警卫停下来的时候放暗器，再跟踪另一个警卫。
直到货物在地下的时候捡起！把货物交给这个女的，还要帮她送一段路程，跟着小地图绿点走。就可以完成任务来到码头，帮助MAHIR救出两个被俘虏的刺客。
来到小地图的绿点就可以发现之前逃走的凶手刺客。弄死他！第三章完。