该作背景与前两部紧密交错在一起,都发生在黑山研究所(Black Mesa Research),但又有所不同。在原作《半条命》(1998年)中,玩家扮演科学家Gordon Freeman清除异形;在《针锋相对》(Opposing Force,1999年)中,则扮演特种部队,到黑山研究所里暗杀Gordon Freeman;在《蓝色行动》里则扮演一名普通的守卫Barney Calhoun,在未清除的异形与进驻的军队的夹缝中努力带着一些科学家逃出生天,在游戏结尾,我们可以看到Gordon Freeman的尸体被军人们拖走的情景。
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