游戏的故事剧情是接续前作,叙述在力丸失踪後,彩女於乡田领附近持续打听情报。在调查的途中,发现忍者们的秘密村落遭人袭击,而村人在留下「黑屋」的名字後便断了气。正当彩女要离开时,遇上一位名为凛的女忍者,凛误会了彩女是杀害村人的凶手,故事於是由此展开。
鲜明的表现引出天诛新的一面:这次天诛的最新续作《天诛 红》采用了一些新的尝试,首先是以两位女忍者彩女与凛做为主角,在不同的视点以及分歧路线的设定下,角色的特色更加鲜明。其次故事舞台也首次搬到田领以外的地方,并在演出方面以日本传统的浮世绘风格,来加重时代剧的味道。因此无论是在过场动画的演出,或是角色的台词方面,都可感觉出浓厚且纯正的日式时代剧风格。