风和日丽的一天,研究所的平静被一只巨大的狗打破了,正当大家疑惑不解时,我们的死对头:斯贝塔出现在屏幕上,原来大家和研究所一同被奈米加农炮变小了,斯贝塔同时抓走了主人公的伙伴们作研究,妄图统治人类世界。如此野心主角们自然不会认可,主角们拿出了秘密武器:整个研究所变成了一个可以副在比波猴头上的装置,并且控制比波猴来粉碎斯贝塔的阴谋,由此,我们的故事开始了。