噬神者3剧情的结局是总督迫害age组织,然后age被逼无奈自爆造成了大灰爆,想要和所有人一起同归于尽,之后女儿开机甲成功阻止灰爆,但是机甲失控,于是主角团阻止暴走的机甲,最后带着女儿安全回家。靠着奇迹的羁绊之力,age和旧人类相互理解,芬里尔总部从独裁制变成议会制,总督职位变成了议长。