游戏刚开始，看到有两个人在讨论游戏主角Shepard…
主要是连接两代剧情的：
2183年，银河系文明的中心承受了一次巨大的打击。Citadel空间站被一支无机生命体（机械）的军队——Geth入侵了，他们想要为Reapers——一种在50000年前毁灭了所有有机生命的巨大机械种族——打开大门。Shepard领导了防守，但是Citadel议会被杀了。现在，新的由人类领导的议会试图阻止Reapers要回归这一谣言的传播。为了保持社会安定，他们派Shepard和Normany号去消灭所有Geth残余抵抗…
名词解释：Citadel：巨大的空间站，银河文明的中心，Citadel议会的所在地。没有人知道是谁建造了Citadel，但是有传言说是Reapers建造的，目的是吸引所有银河系的文明种族，方便他们一网打尽。
Geth：几百年前由Quarian人制造出的机械生命，后来叛变了，从此议会禁止所有AI的发明。1代的主要敌人。他们似乎受到Reapers的指示，要让Reapers回归。
Reapers：传说中的毁灭了前一代银河文明——Porthean人的机械种族。从1代剧情了解到，Reaper早在Porthean之前就存在了，是谁制造了他们无从得知。但是他们生存的目标似乎就是毁灭宇宙所有有机生命，然后消失，等待有机生命自己进化到宇宙文明，再通过它们消失前留在宇宙观察的个体把他们带回来，继续毁灭，再消失、再等待、再回归、再毁灭…