Solid Snake时代

　　某年，Grey Fox收养了一个在战争中失去亲人的小女孩，也就是后来的Naomi Hunter。

　　1990年，为SAS工作的Liquid Snake在伊拉克执行摧毁移动的飞毛腿导弹发射器的任务，后宣称在任务中失踪。

　　1994年，Liquid Snake返回美国。

　　1995年，佣兵团建立的军事组织“Outer Heaven”逐渐浮出水面，美国方面收到情报，“Outer Heaven”正在生产一种能改变世界战局的武器。 Fox Hound负责潜入任务的特工Grey Fox在探索任务中失去联络，在Big Boss指挥下Fox Hound成员Solid Snake负责继续追查该事件，在基地中发现代号为Metal Gear TX-55的武器并发现幕后主脑正是Big Boss。最后他击败Big Boss，炸毁了Metal Gear TX-55并逃出“Outer Heaven”。

　　1997年，中东发生军事叛乱，Zanzibar立国

　　1999年，Kio Marv博士发明了炼制高度纯净的天然石油的微生物“OILIX”，却被Zanzibar绑架。 Solid Snake在Fox Hound指挥官Roy Campbell的指挥下潜入Zanzibar，却发现Zanzibar的领导者竟然是失踪了的Grey Fox。最后他打败了Grey Fox，Metal Gear D和曾被认为在前次事件中被击败的Big Boss。任务结束后Solid Snake退休居住在阿拉斯加。 Big Boss成为植物人，被Zero“保管”起来。 （在潜龙谍影4出品之前，Big Boss被设定为已死，尸体被保存起来）。 Gray Fox则被救回，身体被改造为忍者。

　　2000年，Liquid Snake加入Fox Hound，成为地面作战分队的首领。 Naomi Hunter加入Fox Hound的医疗小组，并开始了在士兵身上的DNA理论研究和实验。

　　2002年，开发中的Metal Gear Gander，于南美进行演习时被由叛乱将军Augustine Eguabon指挥的Gindra Liberation Front（简称Gilif）抢走，开发人员被绑架并带回Gindra，也就是以前的Outer heaven。在Roy Campbell指挥下，Snake潜入该基地，途中从幸存的Delta Force队员姬丝.珍纳（Chris Jenners）得知潜入部队已全部死亡，而叛乱的美军特种部队Black Chambers也在基地，首领是Viper 。 Snake救出开发者Jimmy Wizard，得知Metal Gear已经装上了核弹。 Viper威胁美国政府如果不放弃进攻就会用核弹攻击美国的任一城市。 Snake炸毁发电站打算阻止轨道炮发射，却被告知核弹依然可以发射，Jimmy Wizard也被炸死。 Snake潜入地下一百层，终于找到Metal Gear。这时Viper现身，告诉Snake：Black Chambers叛乱的原因是不想一直做Fox Hound的影子，希望能够帮CIA夺回Metal Gear争回面子。打败Viper后Snake救回姬丝，姬丝告诉他她是陆军参谋长柏加下命令来的，目的是杀死将军和抹去一切和“Project Babel”相关的人和物。这时将军驾驶Metal Gear Gander出现，告诉他们一切都是自己的安排。 Snake打败将军，将军临时前告诉他真相：Outer Heaven是美国政府暗中援助的要塞国家，非正式地提供反美军事力量。当年Big Boss失控，美国将Outer Heaven推翻。后来Outer Heaven成了Gilif，美国想要让非洲出现反美势力，借战争派遣部队进驻，以维持冷战后美国的全球布局。这就是Project Bable。将军和陆军参谋长都是负责人。这时Viper再次出现并打算发射核弹，原来Metal Gear还是太空中装有核弹的卫星的指挥站。幕后的间谍Brian也被查出。最终Snake击败Viper，阻止了核弹的发射。

　　2003年，Dr.Clark（即Para-Medic，FOX-HOUND的医疗组长）死于想要逃跑的Gray Fox制造的实验室爆炸中。 Naomi Hunter掩盖了事实并接手Dr.Clark的工作。

　　2005年2月底，Shadow Moses岛上做演习的Metal Gear被叛乱的Fox Hound队员夺走，借以勒索美国政府。 Solid Snake再次被召回执行任务。 Snake潜入基地，认识了Otacon和Campbell的侄女（实际上是女儿）Meryl。他发现军方秘密开发的是Metal Gear的最新型号REX。作为叛乱的主脑，Liquid Snake打算利用Metal Gear威胁政府交出赎金和Big Boss以研究解决自己DNA缺陷的方法。 Snake途中遇上成了改造忍者的Grey Fox，Meryl则在战斗中被敌人俘虏。 Snake后来也被俘获，后被Grey Fox救出。 Snake潜入地下基地，Grey Fox牺牲自己帮助Snake击败REX，Liquid也被Snake打败（这里有两种结局，救出Otacon或者救出Meryl）。 Liquid在最后的追击战中死于Fox-die，其手臂后来被移植到Ocelot的断臂上。而Fox Hound也被遣散。

　　2005年3月：George Sears（Solidus）辞去了美国总统的职务，他被James Johnson取代（实情是他被迫辞职，身体被改造）。

　　2006年，Solid Snake和Otacon组成了NGO“Philanthropy”，目的是阻止Metal Gear的生产及发展。

　　2007年4月30日：Jack（Raiden）和Rose第一次见面。 8月8日,USS Discovery事件（曼哈顿外海油轮沉没事件）发生。当时Snake打算潜入油轮获得新的Metal Gear Ray的情报并公之于世，但途中苏联佣兵团进入油轮打算抢回Ray，爱国者派来的Ocelot趁机开枪打死佣兵团团长并夺走了Ray，并将事件责任嫁祸给Snake。油轮在战斗中沉没，对外公开消息指Snake已死。

　　2008年4月，特种部队DeadCell的成员Chinaman和Old Boy在意外中身亡（根据访谈，这两个角色原本设定为游戏潜龙谍影2中出现，后戏份被删，其技能也延续到其他角色如Vamp身上）。

　　2009年：在名义上负责清理曼哈顿外海上沉没的油轮造成的油污而建成的Big Shell工场里，总统James Johnson被恐怖分子，也就是原来的特殊部队DeadCell成员挟持，Raiden作为“Fox Hound”的成员前去营救总统，再遇被认为在2年前已经死去的Snake。在任务中他发现恐怖分子的目的并不在于赎金，而是工场下面的超级武器“Asenal Gear”。在总统James Johnson的“强迫”下死于Raiden枪下。 Otacon随同Snake营救他的妹妹Emma，一方面是因为她有阻止Asenal Gear的电脑病毒，另一方面是出于个人感情。 Raiden途中遇到恐怖分子首领Solidus，他自称自己的计划叫“自由之子”。后来Emma被杀，Snake通过“俘虏”Raiden得以潜入Asenal Gear，并和Raiden一起杀出一条血路。 Raiden击败了数台Metal Gear Ray，最终不敌。这时候Emma的病毒生效，Asenal Gear停止运作。在场人员被Ocelot告知所有一切都不过是“爱国者”背后操纵的一场演习。 Asenal Gear撞向纽约，Raiden在华盛顿纪念堂屋顶上打败Solidus。

　　之后Raiden从“爱国者”手上救出Olga的女儿Sunny，交由Snake和Otacon收养。 Rose被释放，和Raiden一起生活，但Raiden得知自己的儿子流产了（实际上是Rose故意隐瞒）后整日酗酒，Rose离开Raiden改嫁Roy，由他帮忙保护Raiden的儿子。

　　20XX年(据考证可能是2014年)：战争已经转由专业的PMC(私人雇佣兵)参与，PMC全部安装以Nano machine组成“SOP系统”（Sons of the Patriots，以Big Shell事件收集的数据构建的系统），以降低战争成本及控制士兵情感。 Liquid Ocelot组建了最大的雇佣兵组织，并策划完全控制“爱国者”AI系统。另一方面，Snake由于基因缺陷出现早衰，却决定再次投入阻止Liquid的战斗中。 Snake在战​​场上重遇Naomi、Meryl以及改造成忍者身体的Raiden。通过重重波折，Snake找到了自己的亲生母亲Eva，得知“爱国者”的真相，却亲眼看着她死去。 Liquid得手控制了“爱国者”的部分机能。 Naomi以出卖Snake等人为代价，在Liquid那里获得消灭“爱国者”的办法，最终放弃Nano machine的保护死去。 Snake潜入Outer Haven，用电脑病毒破坏了“爱国者”AI系统。最后从Liquid口中得知他其实就是Ocelot，只不过是用药物及心理暗示扮成Liquid Snake。他本来的目的就是打算破坏“爱国者”建立新的世界体制。 Snake与Liquid Ocelot决战，将其击败。 Snake在墓园遇见通过手术复生的Big boss以及还在世的Major Zero，两人与Snake对话后死去。意识到自己不久于人世的Snake决定和Otancon环游世界。