主人公是印加帝国王族血统的混血儿，故事开始在新大陆的波多韦罗，受其情侣芬的委托，和敌对势力巴士科斯抢夺市场，以帮助埃斯康特势力的壮大。到港口取得一艘中型双桅三角帆船和50000元初始资金，以后每月要交1%的金钱给埃斯康特。先在新大陆赚些钱，然后向玛尔德纳德宣战，灭了他后芬会出现，让我离开新大陆，并且我在新大陆的所有占有率转到埃斯康特的名下。向埃斯康特宣战，回到波多韦罗，柳科会出现，告诉我埃斯康特只是在利用我并加入，出海后柳科提示父母曾给过我纪念品，得到披肩，并有个人给我神秘物件刀鞘。灭了埃斯康特后柳科和我决定到家乡看看，即补给村客劳（南纬8度，西经78），非常远，途中可在补给村里约热内卢（南22西 43），蒙特维多（南38西60），法耳巴拉索（南38西73）补给一下，到客劳后举行祭奠，柳科发现王族的舞步和披肩的编织方法一样，建议到波多韦罗的遗迹看看，在遗迹中得到典礼用的小刀，和刀鞘合一后得到比塔科史的刀刃地图。

　　在非洲，消灭埃斯皮诺沙之后，在圣乔治有一个青年告诉我有可疑的人要把霸者之证的一部分地图卖给埃斯皮诺沙，让我去开普敦阻止。到开普敦买下神秘的石板上半部后，在总督府青年告诉我霸者之证的线索在遗迹里。到圣乔治的遗迹拿到石板下半部，得到霸者之证的地图。（这里有个过河的小游戏，只要先让老人带我过河，回来带青年过河，同时把我带回，再带柳科过河，最后带我过河即可。）

　　在地中海，到阿尔及尔的酒馆得之霸者之证的线索在金字塔里。到亚历山大的遗迹，玩一个填数游戏后得到画有图案的布（填三个数：2，8，34）。到伊斯坦堡得知那里的人得了黑死病，南特或马塞可能有治病的方法。到马塞的酒馆得到写有治病方法的日记后回伊斯坦堡医治病人，然后到附近的港口转一圈后回到伊斯坦堡，在同业公会得到遗迹的地图，在遗迹中得到黄铜制煤油灯，得到地中海的霸者之证地图。

　　在印度洋，消灭纳哥普尔后到卡利亥特得到贵霜朝的大盘，到巴斯拉后伍丁给我莫阿丁的天文观测仪，在索哥德拉寄港时一个水手让我去卡利亥特的遗迹，到遗迹后发现霸者之证的线索在巴斯拉的遗迹，到巴斯拉去过后，回到卡利亥特得到线索，再去巴斯拉的遗迹，得到不枯萎的莲叶，放在贵霜朝的大盘中得到印度洋的霸者之证。

　　在东南亚，阿镇有人告诉我霸者之证的线索在吉阿丁的遗迹里，到吉阿丁的遗迹后再去马六甲的遗迹，再回到吉阿丁的遗迹，得到古代王国的钱币。消灭库恩商会后得到装有乳液的壶，合并得到印度洋的霸者之证。在马尼拉遇到佐伯，他为争夺霸者之证和我开战，战胜后得到金铜的币钱（东亚霸者之证地图的线索）。

　　在东亚，到澳门后有人告诉我泉州有人找我。到泉州，一个奇怪的老人告诉我霸者之证的地图在杭州的遗迹里，到杭州的遗迹得到唐代的竹艺品。消灭来岛后在京城李家的人给我竹艺品的组合说明书，在京城的酒馆得到东亚霸者之证的地图。

　　在北海，帮助格尔哈特消灭敌人后格尔哈特加入，在南特寄港时水手告诉我斯德哥尔摩的教堂找我，到教堂后得到霸者之证的线索，再到汉堡的教堂得到红色染料。消灭克利福德军后到阿姆斯特丹的酒馆后得到老旧的羊皮纸，合并后得到北海的霸者之证地图。

　　集齐七个霸者之证后回到波多韦罗即可看到大结局。