至于战斗系统与操作方面，《合金装备崛起：复仇》主打的「自由斩击」与「斩夺」可说是贯穿整个游戏的系统，虽然说玩家一样可以选择不使用自由斩击与斩夺，单靠武器的轻重攻击以类似无双系列的方式也依然能够通关，不过在头目战中会有非常多强制要玩家使用自由斩击的QTE系统，一旦玩家不使用或是斩击失败就会大量损血，让自己陷入不利的状态；而斩夺系统除了能直接斩杀敌人外，使用后能夺取敌人的能量作为补给也较有优势，再加上想要取得通关后的高评价就必须使用大量的斩夺，因此还是建议玩家熟练这两个系统。不过大量的斩夺加上不断重复的战斗分镜多少会有令人厌烦的重复作业感，但在某方面来说，本作的游戏长度反而刚好避免掉了这样的感觉。

当系统出现「斩」字时，玩家可以立刻按下LT键进入自由斩击模式

在自由斩击模式可以自由地以各种角度砍杀敌人，将其大卸八块

如果对方是一般的杂兵，只要砍中红色方框标示的要害就会出现「夺」字

这时按下B键就能够拉出敌人体内的燃料电池