出海28天后,Kenway正在船舱研究铜币的秘密的时候,船长告诉Kenway最近船上有奇怪的流言,让Kenway自己去搞清楚到底怎么回事。Kenway来到仓库前,找到船员。船员表示需要小道消息的话找医生或者厨师比较合适。与医生或者厨师任意一人对话,再去船舱找James,James带着主角来到甲板上,James告诉主角Mills在散播此次航行凶险的消息并且劝船员们离开,最后James表示自己也不知道消息准不准确只希望安全到达彼岸。来到船舵边,与舵手对话,听到有异常的声音。回到船舱开启鹰眼,发掘仓库里的酒桶上有异常信息,调查后Kenway明白过来有人在向外界传递消息,很可能目标就是自己。调查完毕后,回到自己的房间休息。第二天,Kenway来到甲板,告诉船长留意点James与Mills俩人,正在争执的时候船只遭到了攻击,船长让Kenway回到船舱,刚下船舱,Kenway就遇到了Mills,原来Mills早猜到了一切,并且决定出卖Kenway得到荣耀。Kenway建议决斗,Mills接受挑战并且顺利被干掉(悲剧)。来到甲板,告诉船长敌船的目标,并且使用手段使得船长屈服,决定冒着风暴的威胁继续前进。
在风暴中,船体受到损害,需要紧急修复。主角将协助船长将被闪电烧坏的绳子全部弄断,之后通过桅杆爬到船的船帆上把被风吹卷成一团的风帆解开。解开风帆后,在另外一侧的船帆受到了闪电的攻击,正在维修的James被悬挂在空中。主角救下James,回到甲板,回头看见背后追着的敌船逐渐沉没到海中。出海72天后,船长告诉Kenway到新大陆了。爬上桅杆的最高处,视线穿透浓雾,看见了游戏的主舞台---美国。