这些东西都拿到之后，从大厅一楼打开密道进入密室，在这里进行保存和整备。

　　从密室出发的流程开始，一直到回到局长办公室的流程，和一周目的流程是完全一样的，这里就不再重复叙述了。

　　有两点不同的是，在局长办公室南侧的私人收藏室拿到红桃钥匙，出门前往一楼的审讯室，这里可以获得便携式保险箱，打开获得备用零件(按钮)。另一个便携式保险箱的位置和一周目一样，都在 S.T.A.R.S. 办公室南侧的污衣间。

　　还有就是在实验室中，一周目的信号调制器要在东区从交谊厅上楼才能拿到，在第二版本中则是在刚出北区前往主竖井时，一旁的 U.S.S. 士兵尸体上提前拿到。

　　其余的流程内容，包括获得在东侧储物室和钟楼获得两个电子零件，并前往局长办公室拿到停车场钥匙卡，包括之后的雪莉关、探索下水道和实验室，也就是到击败 G4 的这一大段中，除了部分谜题之外，其他内容和一周目篇一模一样，这里就只对不同谜题的答案进行介绍：

　　拿到两个电子零件后，私人收藏室的电路谜题答案：

　　探索下水道时，象棋插头谜题答案，左边墙的三个插头分别是：

　　右边墙的三个插头分别是：