episode.5 水落石出
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由于克里斯担心吉尔的安危，转而乘坐直升机赶往地中海，瓦考伊恩 莫基机场的调查就交给了搞笑二人组，奥布莱恩命令两人设法找到猎犬的线索，在监控录像上，两人目睹了怪物屠杀猎犬成员的一幕。
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吉尔和帕克到达船底后，发现这里已经开始进水，两人虽然成功恢复了轮船的动力，但引擎室的大门突然封闭，大量的海水倾泻而入，随着房间水位越来越高，两人危在旦夕。
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电脑高手昆特成功入侵猎犬飞机上的电脑，他通过残存的记录找到了船只的坐标，猎犬竟然在找寻曾经属于自己的游轮，不过真相似乎已经慢慢浮出水面。
episode.6 搜救行动
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收到坐标的克里斯和杰西卡立刻展开搜寻，很快登上巨大游轮，昆特送来情报说游轮的引擎有些异常，克里斯便火速赶往引擎室。另一方面，不断上涨的水位已经使吉尔和帕克顶到天花板下，两人即将被水淹没，情况紧急！然而当克里斯终于到达引擎室的时候，这里却一片宁静，既没海水，也看不到两人身影。墙上地图明确的标记着--女王 塞米拉米斯号，这是与泽诺比亚号完全结构一致的双子船。
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危机关头的吉尔和帕克并未放弃求生的希望，奋力撬开天窗，逃脱了出来，在到达展望台修复无线电后，两人终于与总部取得了联系。吉尔和克里斯两组人被耍得团团转，BSAA显然陷入了他人的圈套，然而奥布莱恩却对帕克的质疑保持沉默。一宗紧急通信打断了对话，情报部得知曾经摧毁了特拉格里加的卫星重新启动，目标则是停在地中海上的泽诺比亚号。当帕克要求奥布莱恩提供援助时，奥布莱恩拒绝了。
episode.7 制裁之光
奥布莱恩并非不想提供援助，而是因为远水救不了近火，现在派搜救队根本来不及，而在附近海域的克里斯也不知能否及时赶到，昆特想到，利用船上的无人驾驶飞机散播干 扰信号，扰乱卫星的瞄准系统。时间虽然紧迫，但是作战顺利实行，泽诺比亚号避免了被卫星正面攻击的惨剧，但是高能量掀起的巨浪还是将轮船吞噬。
episode.8 万事俱备
泽诺比亚号不断进水，缓缓下沉，当吉尔和帕克逃至堵场后，再次见到戴着防毒面具的猎犬成员，他对BSAA成员的表现大加赞赏，表示愿意说出泽诺比亚号隐藏的全部秘密。正当他要说出幕后真相时，赶来的杰西卡一枪命中猎犬成员，而面具下的真相却是雷蒙德，假扮猎犬成员的雷蒙德在死前向帕克低声耳语了一番，希望他能找到特拉格里加事件背后的真相，浸水的轮船已经支撑不了多久，一旦船上的病毒污染海水，后果将不堪设想，4人立刻分头行动，帕克和杰西卡设法延缓轮船沉没，吉尔和克里斯设法处理船内的病毒。
episode.9 无路可逃
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返回机场的搞笑二人组，他们利用那里的电脑入侵FBC的资料库，查到意想不到的情报，他们将线索联系到一起，揭开了真相:猎犬复活的事件是奥布莱恩伪造的，目的是将某人引出来，就在昆特将至关重要的情报传回BSAA的过程中，机场遭到轰炸，两人的通信就此断绝，而资料传输进度也停滞不动，瞬间失去两名好部下的奥布莱恩悲愤难忍，然而他却没有注意到，背后的电脑屏幕进度条在几秒后又缓缓前进。
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成功进入船内研究所的克里斯和吉尔终于发现了T-Abyss病毒，根据遗留的文件，这种病毒是the abyss病毒和t病毒的合成物，拥有极强的水溶性和感染性，更加吃惊的是，制造特拉格里加事件的幕后元凶，就是FBC的长官摩根，虽然吉尔并未找到决定性的证据，但两人还是成功中和了船上的病毒，然而此时，摩根已经摧毁了塞米拉米斯号，并再次将目标锁定到泽诺比亚号上。
episode.10 谎言不再
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就在克里斯与吉尔展开行动的同时，帕克与杰西卡也在设法延缓轮船沉没，然而回想起雷蒙德的耳语，帕克因疑惑而不知应该相信哪一方，面对在船桥操作的杰西卡，帕克举枪想到“BSAA里有间谍，摩根的眼线就是杰西卡”，这就是雷蒙德的耳语，而此时雷蒙德也再次出现，他早料到会被灭口，提前穿了防弹衣，然而帕克无法轻易怀疑老搭档，这也给杰西卡可乘之机，她在枪击帕克后，成功启动轮船的自爆装置并逃离现场。
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泽诺比亚的自爆已经启动，爆炸声此起彼伏，吉尔和克里斯在逃脱途中见到受伤的帕克，他告诉两人杰西卡就是间谍。吉尔坚持搀扶帕克慢慢移动，然而一次近距离的爆炸摧毁了架桥，帕克失足落下，虽然吉尔和克里斯奋力抓住他，但是帕克知道受伤的自己只会成为同伴的累赘，于是自己放手落入火海。痛失同伴的两人成功抵达甲板，但停机坪上的直升机却被突来的巨大触手打个粉碎，另一架飞机也无法靠近。
episode.11 启示录
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眼前的这个庞然大物，是被病毒感染的鲸鱼，而缠绕的巨大触手就是体内变异的寄生虫（怪不得玩时感觉那么像）。泽诺比亚号已有一半沉入海中，此时的克里斯和吉尔只有一个念头，灭了眼前的怪物，否则还会为祸。在连续的恶战后，巨大怪物同泽诺比亚一同沉入海底，而摩根是幕后主使的证据也就此被销毁。
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一年前在特拉格里加，身为新人的雷蒙德对此次 恐 怖 袭 击 表示了质疑，为何猎犬能完美躲避FBC的搜查网、将如此大量的生化兵器投放到都市中。在司令室外，他无意中听到摩根与猎犬首领诺曼的对话，这场惨剧完全是摩根一手策划的，他的真正目的是令世界对生化恐怖的威胁产生恐惧，进而令FBC受到国际的认可和重视，获得更大的权利，这就是特拉格里加事件的真相。后来，拥有极强正义感的雷蒙德与BSAA展开合作，他与奥布莱恩共同策划了猎犬复活的好戏，为的是让摩根露出尾巴。然而奥布莱恩又不能与克里斯和吉尔说明，因为他知道组 织内有摩根的眼线。虽然最终作战成功，但摩根也销毁了双子船上的证据。
episode.12 女王之死
一切证据都已被摩根销毁，不过奥布莱恩却未放弃，因为搞笑二人组传来的资料，成为了逆转的王牌。当年猎犬用于运送病毒的运输船并非只有两只，第三只轮船女王 戴朵号正静静沉在特拉格里加的海底深处，然而还没等证据入手，摩根就已经主动出击，率领FBC部队控制了BSAA的总部，并将奥布莱恩以涉嫌与猎犬组 织勾结的名义逮捕，最后的希望寄于克里斯和吉尔身上了。
两人潜入了沉睡于海底一年的戴朵号，这里有许多之前见到的肉块怪，之前地中海沿岸的怪物就是由此而来。在沉船中，两人发现了FBC成员的尸体，而且未死很久，看来摩根也注意到这里隐藏的证据--原来当年猎犬组 织头目诺曼在与摩根合作时并不信任他，偷偷录像作为底牌以防万一，不料特拉格里加事件后成了弃石，戴朵号也沉入海底，逃生无望的诺曼含着怨恨对自己注射了病毒。经过一番奋力战斗，终于击倒变异的诺曼，吉尔和克里斯第一时间将找到的录像公布于众，尘封一年的特拉格里加事件真相大白，摩根被解除FBC最高长官职位并绳之以法，FBC解散，大部分人员并入BSAA，BSAA也成为联合国直属机构。一切看似尘埃落定，但实际上BSAA与生化恐怖的战斗才刚刚开始。克里斯与吉尔于日后前往斯宾塞别墅进行调查... ...而在某咖啡屋的一角，雷蒙德与杰西卡望着桌上猩红的T-Abyss病毒，嘴角露出一丝浅浅的微笑... ...

PS：中文剧情借鉴掌机王，纯手工打字，费力辛苦

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