《神秘海域 失落的遗产》将整体内容比重作了相当平衡的分配-「探索秘境」、「动作解谜」和「枪战」大约各佔了三分之一，简而言之就是浓缩了所有《神秘海域》系列玩家喜爱的要素，再删去琐碎的日常剧情。不只有更刺激的打斗场景、更加广阔的地图与更高的自由度，游戏在说叙述剧情与角色描写的手法上又更进一步，玩家可以从两位女性主角在冒险过程的互动中体会她们的心境转折，并且发掘出更多她们背后的故事。

　　在系统方面，《神秘海域 失落的遗产》与本传并没有什么太大幅度的变化，其中最为特别的部份，是为了凸显克洛伊兼具宝藏猎人与盗贼的身分，所特别加入全新的「开锁」要素。克洛伊可以透过开锁技巧来解开冒险途中发现的储物箱，取得其中的武器弹药等资源。同时玩家也有机会取得前作所没有的「消音手枪」，远距无声杀敌的能力，让玩家在游戏中能採取更为多元的战术运用。