凯尼和埃米尔

　　尼尔日常打倒的魔物，也就是人类的崩坏体，有的并没有完全丧失意识，还会为了自己的孩子而牺牲自己，尼尔等人看到崩坏体就杀的行为，已经完全称不上是正义了。抢走尤娜的那个魔王，其实就是1400年前尼尔的灵魂体，他发现自己的妹妹根本没救了，那这样的话还不如把妹妹的复制体抢过来，强行进行融合。因为在这1400年里，他一直在黑暗中默默看着自己的妹妹一点点崩坏，他已经受不了了，他要和妹妹过一段平静的日子。于是他抢走了尤娜。而我们一直操控的尼尔，为了救妹妹来到了魔王面前，与魔王进行了激战。在当初魔王来抢尤娜的时候，凯尼为了断后让埃米尔将自己石化。五年后，埃米尔吸收了被改造成兵器的姐姐，获得了巨大的力量，然而却变成了丑陋的机器人模样。没错，这个埃米尔就是机械纪元里的那个车神。

　　变化后的埃米尔

　　为了把尼尔和凯尼送去最终的战场，埃米尔独自抗下了敌人的攻击，被炸的只剩下了脑袋。而尼尔和凯尼则打败了灵魂体尼尔，但是凯尼重伤。尼尔为了拯救凯尼，选择消除掉自己的存在(也就是删除玩家存档)。而主角至今为止的所作所为，都变成了凯尼做的，因为这个世界，已经没有了尼尔的存在，尼尔拼上性命所拯救的凯尼和尤娜的记忆中，并没有自己的存在。

　　埃米尔

　　另一方面，因为稳定人类灵魂体的灵魂体尼尔死去，所以人类的灵魂体开始全部崩坏，而复制人也因为灵魂体崩坏染上黑文病死亡，灵魂体崩坏后也没有数据再制作复制人，就这样，人类最终灭绝。

　　之后，外星人入侵，埃米尔最作为最终兵器复制了许多自己来战斗。经过了漫长的岁月，埃米尔的记忆大部分都消失了，便成为了机械纪元里的埃米尔。然后就是尼尔机械纪元的剧情了。

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