终章

One Thousand Suns

Alex Mercer吸收了主导者Peter Randall将军。军队领袖与感染核心Elizabeth Greene都被消灭，扮成Cross的Supreme Hunter现出真面目，企图吞噬Alex。消灭Supreme Hunter后，Alex将倒数引爆中的核弹载离纽约，沉入水底。核弹的威力将他炸飞，尸身的碎片在曼哈顿岛上吸收其他生物体，Alex Mercer二度复活。

以上就是游戏的基本剧情流程，但是上述的叙述法有个致命的错误：Alex Mercer早在游戏开始前的Penn Station事件中就死了，自认是Alex Mercer的男子，其实只是吞噬了Alex的尸体以及部分记忆的Blacklight实验病毒原型（prototype）。 Alex Mercer早就不存在了，玩家所操控的游戏主角，是以Alex Mercer的外观与部分记忆作为预设值的「Prototype」生物体。故事的趣味由此而生：Prototype自以为是Alex Mercer，但是却不知道真正的Alex Mercer究竟作了些什么、在整起生化灾难中扮演什么角色，它基于错误的认知而展开复仇行动，因而导致更大的灾祸。

那么，要理解整个《Prototype》的剧情，第一件事就是要弄清楚Alex Mercer的身分。

Alex Mercer究竟是谁？

Alex Mercer是生物科技公司Gentek旗下的生化武器计画之一，Blacklight（黑光计画）的研究员。 Blacklight的目的是利用特殊生物样本，也就是Elizabeth Greene，研发出针对性的病毒武器，是政府／军方出资的黑计画。由于Blacklight计画风声走漏，军方决定派出病毒／生化危机处理小组Blackwatch（黑色守望）将整个计画封锁，并处理掉所有的相关人事。 Alex Mercer察觉事情不对劲，便开始私下调查，并且利用自己的妹妹，要求她从外部协助。

当Alex发现军队将肃清Blacklight／Gentek后，他决定自保。他把收集到的资料（笔记型电脑）寄给妹妹，自己则把Blacklight病毒偷出实验室，认为这样就能要胁军方。然而，Blackwatch在Penn Station找到了他，而且无意妥协；眼看自己无路可逃，注定命丧于此，Alex Mercer决定拖全纽约市的人一起陪葬，打破了装满Blacklight病毒的试管。虽然Blackwatch立即将他枪杀，但为时已晚，病毒已经散布了出去，开始感染纽约市民。 Alex Mercer当场死亡，现场的高浓度Blacklight病毒吞噬了他的尸体以及零碎的记忆，成为Prototype（Blacklight原型体）。

Alex Mercer的尸体是Prototype第一个吞噬的对象，因此他的外观成为Prototype的预设外表；而且，就和游戏中Prototype吞噬其他人所获得的记忆片断一样，Prototype只取得了Alex Mercer一部分的残余记忆（乃至于人格），这也就是游戏开始时Prototype／伪Alex Mercer会「失去记忆」的原因。 Prototype对失去记忆／病毒感染的始作俑者怀抱着的莫名复仇心，也能从Prototype还残存着Alex Mercer生前对Gentek／军方抱持的畏惧与恨意来解释。

Elizabeth Greene又是谁？她和Blacklight（Prototype）有什么关系？

1963年，美国军方在爱达荷州的荷普镇（Hope，Idaho）进行特殊进化病毒实验，以动物作为实验对象。 1964年，军方开始人体实验，将病毒（日后的Blacklight）注入所有荷普镇民的体内，原本的目的只是为了开发出可针对特定人种／种族生效的病毒武器。起初没有任何的变化（除了1965年出生的婴儿体内出现分化的新种病毒），直到1968年，镇民开始出现奇异的集体行为，接下来全镇瞬间陷入病毒感染，感染的核心就是19岁的Elizabeth Greene。军方杀害了所有的感染者，只留下Elizabeth Greene，并将她拘禁起来，继续病毒研究。作为19岁高加索人种女性的Elizabeth Greene已经不存在，军方／Gentek所囚禁的是具有Elizabeth Greene外观的Blacklight病毒综合体，这个病毒综合体拥有集体意识，能控制其他的感染者，与荷普镇的情况相同。

由剧情中Karen Parker发现两种病毒来研判，Alex Mercer窃走Blacklight的病毒应该是Elizabeth Greene体内Blacklight母株的分支、变种或改造株，这也是Elizabeth Greene对Prototype／伪Alex Mercer说「我是你的母亲」的原因。

Elizabeth Greene于1969年感染爆发时怀有身孕，她与她的儿子（代号Pariah）在荷普镇事件后均为军方所接管。荷普镇镇压行动的负责人为现今时间点镇压纽约感染的Peter Randall将军，时为中尉，当时他因为左手在接触Elizabeth Greene／Pariah时遭到感染，而自断一臂。