《第3次超级机器人大战》在SFC上登陆，一切也得到极大的强化。战斗追加了各种地形背景，令铁甲万能侠防守于光子力研究所、夏亚与阿姆罗在陨石带中战斗等场面重现。SFC的强大机能亦令武器的画面表现更加多样化——浮游炮、垒球炮等非凡武器都活现于玩家眼前。
