Uru的故事集中在神秘的D'ni文明上，这是一个在一万多年前遍布整个大陆，创建了一个庞大的地下帝国的古老的民族。D'ni人能制造一种神秘的传送书，使他们能够在不同的世界中自由地来往。

一次偶然的机会，D'ni文明与一个人类相联系，并在D'ni世界与人类世界之间建立了一个永远的连接。在这之后不久，这个地下文明神秘地瓦解了，只留下那些无人居住的巨大的地下城市。

在你进行游戏的时候，在你遇到D'ni重建委员会(一个致力于重建D'ni的地下城市的组织)之后你将会了解到有关这个文明的更多的东西。在今后你探测不同的地区和时空的时候，你将会遇到早期的Myst游戏中的一个主要的角色Atrus的女儿Yeesha。