《鬼武者3》中采用双主角制设计，游戏会依照故事进行程度来切换两位主角，并让玩家以古、今两种不同时空的观点来享受游戏。当然双主角制可不是只有这项用处而已，当游戏进行到了一定程度后，玩家便可以利用阿儿穿越时空的能力来进行道具交换的动作。此外，游戏中许多单一角色解不开的谜题，也需要靠道具来交换来解决，例如当左马介获得用途不明且无法能使用的道具时，这时候玩家不妨姑且把道具传送给杰克试试看，说不定本来解不开的谜团也会因此而迎刃而解。

　　游戏中明智左马介所采用的是以近距离武器来战斗；而杰克而是从远处以鞭子以鬼缚来进行远距离攻击，两个人的战斗方式可说是截然不同。由于游戏中两位主角绝然不同的游戏操作性，也让这款游戏更有深度。