《洛克人 Dash 2》的剧情接续前作的故事主线，在一代事件结束的一年后，洛克人等仍在为寻找萝儿失踪的父母而继续旅行。某天，巴雷尔收到友人的一封信，信中提到因事业成功而成为富翁的友人将所有财产投资建造了一艘巨大的飞船，他邀请巴雷尔再次挑战“禁断之地”。在飞船上，正当大型记者招待会进行的时候，一个神秘女子与白色战舰一起出现，他们的目的究竟是什么呢？为了探明这一切，洛克人再次展开冒险。