故事背景设在路易斯安那沼泽地某个庄园。在Marcus失踪的几天后，你继续扮演侦探在海盗来到庄园之前找到Marcus和庄园里的秘密宝藏。在游戏当中，你会遇到很多人并且通过他们来了解一些情况。游戏以海盗为题材。现在还不确定游戏是否跟乌鸦赫斯特庄园有联系。

　　和Mystery Case Files: Return to Ravenhearst and Mystery Case Files: Dire Grove一样，Mystery Case Files:13th Skull 仍然会以真人实景的方式呈现给大家，但不同于Mystery Case Files: Dire Grove的是，Mystery Case Files: Dire Grove是通过录像看到失踪的学生，而此作是将人物设定在油画场景当中，并且可以和自己扮演的侦探互动，比如问一些此次调查的关键问题。