《忍者龙剑传3》的故事发生在2代之后，游戏将更多的聚焦展示隼龙性格中黑暗的一面，杀戮在《忍者龙剑传3》中不像系列前作那般轻易，游戏制作人称玩家在使用剑切过敌人身体骨骼时会感觉到剑得速度会变慢，Yosuke表示，“你会真实的感受兵器切过人体的那个过程。这其中还夹杂着骨头断裂的声音。相比2代中的肢解，我们这次更为注重的是砍人的感受。”

　　《忍者龙剑传3》的首段概念影像向我们提示了游戏剧情走向的几个线索：隼龙使用在《忍者龙剑传2》中从Genshin处得到的恶魔之剑，隼龙的身体同样有很大的变化，黄色的眼睛和右臂上奇怪的生长物(似乎遭到了严重的侵蚀)显示其遭受了不小的磨难。